يعرف بطليموس أن خطة ضم مملكة مصر للإمبراطورية الرومانية أمر مثار في روما داخل مجلس الشيوخ، فكتب وصيته عند ديمتريوس بأن تحكم كليوباترا مصر من بعده، بينما تشعر كليوباترا أن أختها برينيس تكره والدهما بطليموس.

تقول ساكر لبطليموس أنها حامل منه، ويقول ديمتريوس لكليوباترا أن والدها يرى أنها يمكن الاعتماد عليها إذا ساءت الأمور، وتعاتب بيرنيس- والدها على عدم مسامحته لها، بينما تعجب كليوباترا بلص اسمه كاري.

يقول بطليموس لكاتو أنه لن يفرض ضرائب على شعبه من أجل روما، فحذره كاتو من ذلك كما حذره من عدم عودته إلى روما حيًا بعدما تجمع بعض المصريين وشتموه وطالبوه بالرحيل، ثم يكشف بطليموس مؤامرة ساكر بإدعاء حملها منه وخنقها.

يغضب بطليموس من سرقة سوق بالإسكندرية بأكمله، وترسل برينيس رسالة لحاكم قبرص ليساعدها على قلب مصر لتصبح هي الحاكمة، بينما يقرر بطليموس الذهاب لروما واصطحب معه كليوباترا.

يطلب يوليوس قيصر من مجلس الشيوخ تأجيل غزو مصر، ويتفق هومينوس وديون على إشعال الثورة في الإسكندرية عبر إميليوس، ويطلب بطليموس من بومبي أن يكون بجانبه، ويقول ليوليوس أنه سيساعده بالمال بشرط عدم غزو مصر، ويرفض حاكم قبرص مساعدة برينيس.

يعلن مجلس الشيوخ أن بطليموس صديق لهم، بعدما دفع لهم المال الذي يريدوه، ويجلب إميليوس الأفعى التي طلبها ديون والذي دربها على عطر كليوباترا، ويرفض بطليموس مساعدة أخيه حاكم قبرص ضد روما.

ترى بيرينيس- كليوباترا وهى في أحضان كاري، وينتحر حاكم قبرص عندما جاء كاتو لمصادرة أملاكه وعزله من منصبه، ويبدأ إميليوس في إثارة الشعب ضد بطليموس، فبدأ عامة الشعب في الثورة حول القصر ليقتحموه.

تمسك كليوباترا بالأفعى، وتعترف خادمة بأنها أدخلت الأفعى فقتلها قائد الجنود حتى لا تقول عنه، بينما تنكر بيرينيس أنها وراء ذلك وأخبرت كليوباترا أن كاري الفاعل، وأنها قبضت عليه، ويستمع بطليموس للنصيحة ويقرر السفر لروما، فاستولت بيرينيس على الحكم.

يوافق بطليموس على جعل بوسيموس كبير بلاطه عندما يستعيد حكم مصر، حتى يساعده بالمال، ويغضب بطليموس عندما يعرف بزواج بيرينيس لتصبح الحاكمة الفعلية لمصر، في حين بدأت هي توطد حكمها بإلغاء الضرائب الأخيرة التي فرضها بطليموس.

تمسك بيرينس بزوجها يغتصب خادمة، فضربته بحجر وقتلته، ثم طلبت من ديون السفر لروما ليخبرهم أن الشعب يريدها، فقام بطليموس بجعل رجاله يقتلونه، وينصح بومبي- بطليموس بالذهاب لسوريا لتكوين جيش واستعادة حكم مصر.

يدفع بطليموس لجابينيوس ليعيده لحكم مصر فأمر مارك أنطونيو بالتحرك بجنوده صوب مصر، فتحقق النصر لبطليموس وعاد هو وكليوباترا لقصره، وأمر بمصادرة أموال الخونة، ثم أمر بقتل بيرينيس، وهو ما جعل كليوباترا تبكي.

تعطي كليوباترا مهلة أسبوع لإميليوس ليقبض على كاري، بينما يُسلم كاري نفسه للسجن، فيقول حارس كليوباترا لها أن كاري لا علاقة له بالأفعى، ويعطي بطليموس الحرية لبوستيموس ليحول الإسكندرية لمدينة كبيرة، وتعاتب كليوباترا أباها لتعيينه أخيلاس قائد للجند.

يقلل بوستيموس من وزن الذهب ليكسب من ورائه ويشتري مجوهرات كثيرة ليستعيد ماله الذي أقرضه لبطليموس، ويعاقب مجلس الشيوخ- جابينيوس بالبعد عن روما 5 سنوات وإقالته من حكم سوريا، ويمرض بطليموس ولم يعد قادرًا على الوقوف.

يموت بطليموس الثاني عشر ويتم دفنه، ويقرأ الكاهن وصيته بأن يكون ولديه بطليموس الثالث عشر وكليوباترا حكام مصر، وتنجح خطة بروطارجوس في أخذ كل ما جمعه بوستيموس في طريقه للهرب لروما، وتلغي كليوباترا الضرائب وطلبت من مساعديها تقديم حلول لمشاكل مصر.

تودع كليوباترا ديمتريوس، وينجح أخيلاس وبوسان في قلب الطفل بطليموس على كليوباترا، فتنصحه أرسينوي بالتعلم من كليوباترا كيفية إدارة الحكم، وتتوسل أرسينوي لكليوباترا أن تتركها تحب المعلم جليميدس، وتعطي كليوباترا مهلة لأخيلاس للقضاء على المتمردين.

تجعل كليوباترا- أخيلاس يعلق المتمردين في شوارع الإسكندرية ليخاف الجميع منها، ويطلب بيبلوس من كليوباترا مساعدته بالجنود الجابيين الذين خيرتهم كليوباترا في العودة أو البقاء، فرفضوا العودة، وترسل كليوباترا قتلة ولدي بيبلوس لأبيهما ليحاكمهم.

تبدأ كليوباترا في بناء أسطول بحري لمصر، ويحتدم الصراع في روما بين يوليوس قيصر وبومبي، خاصة بعدما عزلهما مجلس الشيوخ من منصبهما، وتحمل أرسينوي من جليميدس، وتنكر كليوباترا أن كاري الذي أهداها سفينته، وتأمر كليوباترا ب50 سفينة قمح وألف جندي لبومبي لرد دينه.

تعزل كليوباترا- أخيلاس من قيادة جيش الممكلة، بعد حرائق اللصوص في مؤن القمح، ويدفع بوسان لإميليوس ليجعل الناس تتظاهر ضد مساعدة كليوباترا لبومبي، لكن كاري دفع لإميليوس وجعل التظاهر يقف، وتكتشف كليوباترا حمل أرسينوي فضربتها ويبدو أنها أجهضت.

يدفع بوسان- بطليموس لعزل كليوباترا وأعاد أخيلاس لقيادة الجيش، فنصح هوميروس- كليوباترا بترك القصر، فنصح بوسان- بطليموس بقتلها، لكن إميليوس هربها، فذهبت مع كاري وهوميرس لتجهز جيش تستعيد به ملكها.

ينهزم بومبي فيلجأ لبطليموس فنصحه بوسان وأخيلاس بقتله، وعندما جاء يوليوس قدم له بطليموس رأس بومبي وخاتمه، فأخبره أنه جاء لتنفيذ الوصية بأن يحكم مصر كليوباترا وبطليموس، ويعجب يوليوس بكليوباترا التي ظهرت له من داخل سجادة، وطلبت مساعدته.

يقول يوليوس لكليوباترا وبطليموس أنه سيعاد تنصيبهما معًا حكام لمصر، ويسمع بطليموس- كليوباترا تقول ليوليوس أنها يمكنها أن تحبه رغم مرضه بنوبات الصرع التي تهاجمه، فأثار الشعب ضد كليوباترا ويوليوس، ويعرف يوليوس أن بوسان وراء محاولة قتله.

يقتل روفيو- كاتو، ويضع يوليوس- بوسان وبطليموس تحت رقابته حتى لا يزحف أخيلاس على الإسكندرية، وينجو يولويس من الموت أثناء حربه ضد أخيلاس، وتغضب كليوباترا من تسبب جنوده في حرق مكتبة الإسكندرية، وتستولى أرسينوي على الحكم، وقتلت أخيلاس وعينت جليميدس مكانه.

يأمر يوليوس بقتل بوسان لخيانته، وبعد التعزيزات يفوز جيش يولويس على الجيش المصري ويقبض على إرسينوي، ويغرق بطليموس الثالث عشر، وتُنصب كليوباترا حاكمة على مصر بعدما أخبرت يوليوس أنها حامل منه في قيصرون، وبعدما تلد تجعل يوم الزهور عيدًا للأم.

تستقبل روما كليوباترا وقيصرون بحفاوة، ويفكر يوليوس في السيطرة على مجلس الشيوخ، ويحاول أوكتافيوس التحرش بكليوباترا فدافعت عن نفسها بكأس مكسور وهددته، ويغير يوليوس التقويم الروماني، ويوافق بروتوس على أن يشارك في قتل يوليوس.

يتضح أن أوكتافيوس على علم بمؤامرة قتل يوليوس، ويغضب يوليوس لمقتل بوستيموس، ويقول العراف لكليوباترا أنها لن تستطيع إنقاذ يوليوس وأن قيصرون سيتحدد مصيره في مصر، وفي مجلس الشيوخ يهجم واضعي القوانين ومنهم بروتوس ويغتالوا يوليوس.

يقول أنطونيو لكليوباترا أن وصية يوليوس لم يذكر فيها شيء عنها وعن قيصرون، ثم يؤمن أنطونيو هروبها لمصر، وبعد سنوات يحقق انتصارات عسكرية ويرسل لكليوباترا لتقضي معه بعض الوقت فوافقت بشروطها، وتغضب كليوباترا من شغب المصريين الذي ينتظرون ملك مصري خالص.

يأتي أنطونيو لكليوباترا ويخبرها بحبه لها فسلمت له نفسها، بينما يخطط أوكتافيوس ليزوجه لأخته، لتقسم الإمبراطورية الرومانية بينهما، وعندما يعود أنطونيو يتزوج من أخت أوكتافيوس وهو ما أحزن كليوباترا فأحرقت ملابسه.

تهتم كليوباترا بابنها قيصرون وتعلمه وتتحدث معه عن كيفية إدارة البلاد عندما يصبح ملكًا عليها، ثم يأتي أنطونيو لطلب المال والمؤن من كليوباترا، فرفضت وطلبت منه إعادة الأراضي المغتصبة من الإمبراطورية الإغريقية، فعاد بعدها وطلب منها أن يتزوجها ثم أنجبا ولدين وبنت.

يواصل أوكتافيوس تحريض مجلس الشيوخ ضد أنطونيو خاصة بعدما كتب أنطونيو وصيته، فشنت روما حرب عليه بقيادة أوكتافيوس، وعندما انهزم جيش أنطونيو رفضت كليوباترا تسليمه لأوكتافيوس ليترك لها مصر، خاصة بعدما رفض تولي قيصرون حكم مصر.

يتمكن أوكتافيوس من دخول مصر والجلوس على العرش بعد الخيانة التي تعرض لها جيش أنطونيو، وعندما يُخدع أنطونيو بأن كليوباترا قُتلت، قتل نفسه، فدخلت عليه ووجدته يتلفظ أنفاسه الأخيرة، وعندما قال لها أوكتافيوس أنها ستسير أسيرة في موكبه، انتحرت.